A principios de los años 90, los Frailes Menores Capuchinos de San Giovanni Rotondo se confiaron al famoso arquitecto Renzo Piano para el diseño de la nueva iglesia dedicada al Padre PÍo.
La estructura es un modelo totalmente innovador y único en el mundo. Su singularidad y vanguardia crearon muchos problemas en las fases de aprobación del proyecto, ya que no había referencias constructivas anteriores de tales dimensiones que utilizaran la piedra (en este caso totalmente piedra de Apricena) como material estructural, Además, de ser en una zona de riesgo sísmico. Cada material tuvo que pasar por una gran cantidad de controles antes de ser considerado apto para el utilizo. Incluso se idearon y utilizaron máquinas exclusivamente para la obra de San Giovanni Rotondo.
La forma que Renzo Piano elige dar al santuario es la de una concha de proporciones geométricas perfectas: el gran pilar central, de 50 metros de largo, representa quizás el más largo arco portante de piedra jamás realizado. Cruza la planta inferior y superior, crea una espiral áurea . La geometría de la obra nace de un punto preciso, que coincide con el inmenso pilar central, dentro del cual, en la cripta, está custodiado el cuerpo de San Pío. El piso inferior está subdividido en gajos de 10°, que delimitan el espacio y las salas. En el piso superior, en cambio, la iglesia está dividida en tres grandes secciones, sostenidas por 21 arcos convergentes hacia el pilar central. Las naves interiores son semicirculares recuerdan un teatro griego. Para encajar mejor la obra en el contexto se ha creado un gran jardín que rodea gran parte de la iglesia. La esposa de Renzo Piano también se encargó del diseño de este jardín. En el exterior el complejo ha sido diseñado de tal manera que en cualquier punto se encuentren los visitantes, son siempre visibles solo tres puntos fijos: la iglesia, el cielo y la llanura. La Iglesia puede acoger en su interior hasta 7000 fieles. La gran plaza exterior puede albergar a unas 30.000 personas en una superficie de 9.000 metros cuadrados.
Podemos concluir diciendo que esta majestuosa obra no solo es un lugar sagrado y meta de peregrinaje de visitantes de todo el mundo, sino también otra joya que se añade a los innumerables tesoros arquitectónicos y naturales de los que podemos presumir en nuestra querida Apulia.